攻殻機動隊 S.A.C. SOLID STATE SOCIETY 3D

「個別の十一人」を名乗る犯人グループが中国大使館を占拠した。犯人たちの要求は、アジア難民受け入れの即時撤廃と、招慰難民居住区の完全封鎖。新総理茅葺（かやぶき）との駆け引きの末、公安9課再建を引き出した荒巻は、素子たちに大使館への突入を命ずる。はたして公安9課は人質に犠牲者を出すことなく事態を収拾できるのか？

民間ヘリのパイロットとして働くギノ。彼は大衆を洗脳し利益を貪るマスコミを憎悪し、ヘリの常連客でもある3大ネットワークの会長・片倉を暗殺するという妄想に取り付かれる。自分が死んだら世界に真実を明かしてほしい──。そんなギノは高級娼婦のヒララに想いを寄せはじめるのだが...。現実に、僅かな希望と苛立ちを抱く、不特定多数のうちの1人の物語。

経団連会長・田所のビルに「キャッシュアイ」を名乗る強盗が侵入、犯行予告状を残していく。その予告状で指定された日時は田所主催のパーティー開催日だ。ただちに田所は公安9課にパーティーの警備を依頼。素子は妖艶なドレス姿で乗り込んでいく...。本来9課が担当すべきではないような案件を引き受けた荒巻と9課の真意とは...？

陸自の攻撃ヘリが演習中に暴走を始めた。計11機の暴走ヘリが招慰難民居住区の上空を旋回。墜落すれば大惨事になりかねない。公安9課に現場の指揮件が移譲されるが、その作戦はすべて内閣情報庁戦略影響調査会議代表補佐官のゴーダが指揮をすることになる...。はたして9課はヘリの暴走を食い止められるのか？

総理暗殺をほのめかす脅迫文が茅葺総理に届き、公安9課が首相の警護を担当する。周囲の反対をよそに、阿蘇の禅寺に赴く茅葺を守るべく、万全の体性で待ち構える9課。そして、厳重な警備網をかいくぐり、茅葺を襲うハイスペック義体の男「クゼ」。茅葺の警護についていた素子は、そのクゼと対峙することになるが...。

エネルギー省を脅迫していた男が謎の死を遂げた。真相究明のためトグサは大戦後、招慰難民居住区と化した東京へ向かう。そこでトグサは死んだ男と交際していたという女性アサギ＝ルリコと出会う。男の無実を訴えるルリコ。2人は男が新宿大深度地下施設に潜り、発掘調査に参加していたことを突き止める。だがそこは、政府にとって"存在しないはず"の施設だった。

新宿大深度地下原発から回収されたプロトニウム燃料棒を輸送する軍主導の計画が、テロリストに漏洩した。急遽、陸路における燃料棒の輸送を公安9課が担当。代表として作戦指揮をとるため、再び9課と合流するゴーダ。9課のメンバーはそれぞれに不満を感じつつも、現地の陸自隊員と共に輸送任務を開始する。ところがゴーダの一言から、事態は思いもよらぬ展開を見せていく。

内閣情報庁による情報操作や政府による公安9課への外圧。一連の「個別の十一人」事件に関して蚊帳の外に置かれる公安9課は、独自の捜査に乗り出した。捜査線上に浮上したのは台湾素食の調理人カワシマ・ショー。バトーとトグサは彼の勤める料理店で24時間の行確を開始する。ところが荒巻は、公安9課とは別に公安1課もカワシマ確保に動いていることを突き止める。

犯行予告を行なった上で無差別に民間人を巻き込む自爆テロが頻発。公安9課は最後の自爆テロを防ぐべく、奔走。テロを起こしているのが義体化難民たちであることを掴む。一方、内庁の巨大端末「デカトンケイル」にダイブし、電脳空間上でゴーダの仮想人格と対峙する素子。そこでゴーダは「不在による憎しみの連鎖はもう止まらない」と不気味に言い放つ。

非番中、事件に巻き込まれた被害者を助けるべく犯人に発砲してしまったトグサは、証人として出廷。ところが弁護士ウエダの策略により、証人から被告人に挿げ替えられてしまう。「こんなインチキ公判では亡くなった被害者が浮かばれない」追い詰められ、最後の証言台に立たされていたトグサは、己の辞職と引き換えに、ある行動に出るが...。

公安9課の採用試験で新人の尾行をまいた素子は、見たこともない路地に迷い込み、骨董品屋と見紛う一軒の店に立ち寄る。そこで素子は、外部記憶装置を客から預かる商いをしているという1人の老婆と出会う。店内にあった男の子と女の子の義体に興味を引き寄せられる素子。老婆は2体の子供の義体にまつわる、ある物語を語りはじめた。

長崎沿岸でクゼの目撃情報が入る。「個別の十一人」がウィルスによって発症するのだとしたら、彼の電脳にその証拠が残されている可能性があるし、上手く解析できれば、個別の十一人の動きを封じれるかもしれない──。公安9課の面々はクゼを生け捕りにすべく追跡を開始。ところが、九州タワー屋上に姿を現わした個別の十一人が、世間を震撼させるある行動を取りはじめた！

表情を拝してもなお"いい顔"をしているクゼ。彼の顔は、腕のい造顔作家によるものではないか──。急遽、ある造顔作家が浮かび上がり、公安9課がアトリエに向かう。ところがすでに造顔作家は殺された直後で、現場に残された防犯カメラの映像には、なんとパズの姿が映し出されていた！ 「ここからは俺1人で追わせてくれ」パズは自身への疑いを晴らすため、単独捜査に乗り出す。

2020年夏、サイトーが反政府軍の傭兵としてメキシコに従軍していたときのこと。悪化の一途をたどる戦況の中、投降の機会を窺っていたサイトーは、敵特殊部隊が戦術核を持ち込んだことを知る。「そんな不届き者に神の目線から恐怖を与える──」。サイトーは特殊部隊にスナイピングを仕掛けるが、その中には若き日の素子がいた...。はたしてサイトーが左眼を失った理由とは？

播磨学園都市で爆発騒ぎが起きた。国定研究員・有須田博士が爆発に巻き込まれた可能性があったが、博士の所在は確認できない。彼のデータを照合するうちに、不思議な既視感に囚われるタチコマ。本来デジタルで思考するタチコマに、なぜ「思い出せそうで思い出せない」という感覚が芽生えたのか？ いったいタチコマと有須田博士を結びつけるある事実とは？

新義州から帰国したイシカワは、クゼに関する重要な情報を掴んでいた。2024年、自衛軍の義体化歩兵部隊として内乱続く小国へと派遣されたクゼ。醜い略奪行為を目にしたクゼの部隊は、人民軍との戦火を開く。ところが義体化精鋭部隊とやせ衰えた生身の人民軍との戦闘は酸鼻を極め、戦闘の記憶が駐留する兵士たちの精神を蝕みはじめる...。

クゼを追って台湾入りする素子。地元ヤクザに絡まれていた少年を助けてしまい行動を共にする。現地で難民を統率する指導者だったというクゼ。彼はどうやって電脳化もしていない難民たちと思考を並列化していたのか？「ゴーストの残り火は自分を知ってくれた者のために使う」そう語っていたというクゼに憧れる少年は、単独でヤクザとの麻薬取引に向かう。

単独犯として史上最大の犠牲者を出したテロリスト"天使の羽根"。彼は爆弾テロを起こす前、必ずベルリンに立ち寄っていることが判明した。素子とバトーは日本からベルリンに応援に駆けつけ、各国特殊部隊の選抜隊員として参加していた。そんな折、バトーは孤児院で暮らす車椅子の少女が、"天使の羽根"の1人娘であることを掴むが、その事実を捜査本部に報告せずにいた...。

難民たちが出島に集まりはじめ、ついに自治区宣言がなされた。公安9課は難民を指導するクゼを追って出島に向かう。一方、素子はクゼのハブ電脳に侵入し、現在位置を突き止めようとする。が次の瞬間、素子はのけぞって意識を失った！ ただちに接続が遮断され、意識を回復した素子はつぶやく。「私は、こいつを知っているぞ...？」はたして9課はクゼを押さえることができるのか？

元ロシア軍士官ボリス・ジャブロフとその部下者数名が、本国からプルトニウム20キロを持ち出し、択捉入りを果たした。クゼは買い取った核で武装し、独立国を名乗ろうとしているのか？ 難民に核が渡り、軍の介入が始まれば戦争が勃発してしまう。公安9課は択捉へ急行、クゼを押さえようとするが、そこではすでに難民と陸自のアームスーツが、戦闘を開始していたのだった。

公安9課の追っ手を振り切り、かろうじてプロトニウムを手に入れたクゼの偽装船が出島へ向かった。9課は空から追跡しようとするものの、クゼの教えに強い感銘を覚えた少年により、目前でティルトローターが爆発。メンバーの死亡、負傷、さらに移動手段までも失い、完敗を喫す公安9課。一方、偽装船は出島を目前にして、海上保安庁の巡視艇から攻撃を受けていた...。

福岡で核爆弾が発見された。爆発すれば半径30キロが放射能に汚染される──。爆弾を仕掛けたのは難民か？ 疑心暗鬼に陥った国民の憎しみの連鎖は、もはや留まるところをしらない。最悪の事態を回避すべく、公安9課は核爆弾の解体とプロトニウムの回収に向かう。一方、バトーは核爆弾が仕掛けられた九州電波塔の屋上で、内庁のゴーダと対峙していた。

政府が出島への自衛軍出動を決定する。そんなさ中、荒巻の進言で茅葺は国連に核査察団の要請を出した。上手くいけば２日後には査察団が来日する。そのタイミングでプルトニウムを引き渡せれば、この事態を収束できる可能性は高い。一方、出島大橋では軍と難民たちの睨み合いがつづいていた。ところが、1発の銃声が最悪の事態を引き起こすのだった。

自衛軍による出島空爆が開始された。ヘリで出島へ侵入する公安9課。降下中、陸自のヘリに攻撃を受け、素子が振り落とされてしまう。何とか無事着地した素子は、クゼを見つけ出そうと単独行動に出る。一方、プロトニウムを抱えたバトーたちは、光学式迷彩を装備するレンジャー4課の追跡を受けていた...。そして事態が緊迫の度を増す中、沖縄環礁に米帝の原子力潜水艦が出現する！

クゼとの邂逅を果たした素子だったが、自衛軍の空爆に巻き込まれ、クゼと共に2人は瓦礫の中に閉じ込められてしまう。出島内で奔走するバトーたち。更迭および幽閉されていた茅葺をトグサとプロトと共に救い出した荒巻は、米帝の動きを阻止するため、政治的手腕を行使しようとしていた。だが米帝の原子力潜水艦はすでにミサイル発射管を開き、核攻撃のカウントダウンを開始していた！

出島への核攻撃が迫る中、クゼと素子は電脳空間にある可処分領域に300万人に及ぶ難民の記憶をサルベージしようとする。そんな素子を探し出島を走るバトー。必死に政治工作を試みる荒巻。それぞれの想いが錯綜する中で、ついに米帝の原潜から核ミサイルが発射される！ ゴーダの思惑が帰結してしまうのか。公安9課は最悪の事態を回避できるのか。事態はいよいよ最終局面を迎える。